沈阳农业大学特种玉米研究所成立于1997年，经不断建设和完善，先后建成省玉米育种工程技术研究分中心，沈阳农业大学学术创新团队，沈阳市特种玉米遗传生理重点实验室，国家爆裂玉米区域试验主持单位。研究所有独立的实验楼（主楼东配楼），除了所在的学科实验室外，还建有研究所自己的实验室即特种玉米育种、普通玉米育种、玉米生物技术、玉米栽培生理等实验室。校内配有田间作业室、种子库、晾晒场、温室等。在辽北、辽西、辽南3个生态区建有固定的科研基地；在三亚建有海南科研基地。

研究所目前有9人组成，其中有教授1人、副教授5人、讲师3人，全部具有博士学位；常年有30余名博士、硕士研究生参加科研工作。研究所以中青年骨干教师为主，形成了老中青结合，人才结构合理，团结向上，勇于创新的学术团队。已经育成通过国家和省级审定的各类玉米新品种40余个，获国家发明专利10项，通过省级鉴定的科研成果4项。获辽宁省科技进步奖一等奖2项、二等奖2项、三等奖4项，农业部农牧渔业二等奖1项。“十三五”期间研究所承担国家重点研发计划“粮食丰产增效科技工程”专项课题2项、子课题6项，“七大农作物育种”专项子课题1项，国家自然基金面上项目1项、青年基金2项，辽宁省科技重大专项课题1项，中央引导地方科技发展专项资金项目1项，辽宁省自然基金1项，辽宁省博士启动基金1项。辽宁省高等学校优秀人才支持计划1人，3人入选辽宁省农业领域青年科技创新人才培养计划。

研究所在特种玉米研究特别是爆裂玉米研究领域一直处于全国领先地位，近年来，在玉米种质创新、玉米新品种选育、玉米重要性状的基因挖掘及分子机制、玉米高产生理等研究方面取得了重要进展。最新育成沈爆4号、沈爆5号、沈爆6号、沈爆7号、沈爆8号、沈爆10号、沈爆11号爆裂玉米新品种通过国家品种审定，沈糯13、沈糯15、沈糯16号鲜食糯玉米新品种通过省级品种审定，沈农T97、沈农T100、沈农T107普通玉米新品种通过省级品种审定；创新出一系列特异花形爆裂玉米，彩色糯玉米，甜加糯型鲜食玉米，红糯玉米，花青素型紫玉米等特殊玉米种质和品系，以及早熟、优质、脱水快普通玉米种质和自交系，为今后玉米育种研究奠定了良好基础；在玉米分子育种方面，获得了玉米灰斑病主效抗病基因及连锁标记，挖掘一个控制玉米雄穗分支数的主效基因，解析了玉米对除草剂的解毒机制。